南通市婦幼保健院始建于1983年，前身是南通市婦產科醫院，1999年與南通市婦幼保健所合署辦公，2002年更名為南通市婦幼保健院，目前醫院是南通市唯一一家三級甲等婦幼保健院。2015年，醫院增掛南通市兒童醫院牌子。2020年，作為市政府為民辦實事項目，兒童綜合大樓開工建設，并于2024年4月正式投入使用。

醫院坐落于南通市新城區，毗鄰南通市行政中心。醫院占地面積68786平方米，總建筑面積125933平方米，總編制床位1090張，一期編制床位600張，二期兒童醫院編制床位490張。醫院設有27個臨床保健醫技一級科室及20個住院病區。醫院現擁有國家級首批特色建設單位2個（婚前保健、孕前保健），江蘇省第三周期婦幼保健重點學科1個、江蘇省省級臨床重點專科建設單位1個、市級臨床重點專科16個、“十四五”市臨床醫學中心（創新平臺）1個、市級重點學科2個、市級重點學科（建設單位）2個。醫院為國家級首批嬰幼兒照護中心規范基地、國家級婦產介入標準化培訓基地、江蘇省新生兒疾病篩查南通分中心、江蘇省產前診斷篩查南通分中心、江蘇省首批產后康復培訓基地、江蘇省首批兒童早期發展基地、江蘇省首批新生兒保健特色專科建設單位、江蘇省新生兒危急重癥救治中心、南通市孕產婦危急重癥救治中心、南通市母嬰專科護士培訓基地、南通市助產專科護士培訓基地、南通市兒童危重癥專科護士培訓基地。