兒內科是目前有床位150張，兒科門急診工作量10萬人次/年，住院約8000人次/年。特色專科：新生兒、呼吸、消化、心血管、神經、內分泌、中醫兒科、兒童重癥監護室等。其中新生兒科是江蘇省婦幼保健重點學科、首批省級新生兒危急重癥救治中心、國家兒科住院醫師規范化培訓協同基地、南通市臨床醫學重點學科、重點專科、“十三五”醫學重點專科、國家級/省級優質護理示范病區。新生兒年出院病人2000人次以上，危重癥搶救成功率95%以上。與南通120聯動，對危重患兒開辟綠色通道， 24小時全市范圍轉運。2018年成立南通首家母乳庫中心，開展鳥巢式護理，袋鼠式護理，成功搶救胎齡24⁺⁵周雙胎兒，達省內領先水平。在危重新生兒的綜合救治中，從“產前-產時-產后”對高危兒進行系統管理，制定個性化治療方案，實施超早期的早產兒康復訓練計劃，制定規范系統的隨訪計劃。小兒心內科與上海復旦大學附屬兒科醫院聯合，已成功開展先心介入手術，給南通人民帶來福音。小兒神經內科對癲癇、驚厥病人進行規范化治療，年出院病人300人次以上，是南通市重點學科建設單位。PICU自2016年起已救治危重患兒近200例，在南通地區占一席之地。聯合產前診斷、新生兒疾病篩查，對疑難罕見疾病精準治療。中醫兒科已經開展三九貼、三伏貼、針灸、推拿、中藥穴位敷貼等治療。科室醫護96人，其中醫師36名，高級職稱7人，中級職稱19人，碩士學歷17人。高級護理人員3名，危重癥專科護士7名。科室負責人在江蘇省婦幼保健協會新生兒質量控制分會任職，參與新生兒質量控制管理。已經立項包括國家自然科學基金在內的各級科研課題10余項，省級新技術引進獎二等獎1項、市級新技術引進獎項7項、實用型專利10項。科室每年舉辦新生兒復蘇培訓和危急重癥搶救新技術培訓等繼續教育學習班。